36協定は、事業の種類、事業の名称、事業の所在地(電話番号)、労働者数以外が同一の内容であれば、本社一括で届出ができていましたが、令和3年3月末からは、電子申請に限り、労働者の過半数代表者が異なっても本社一括で届出ができるようになる予定です。事業所数が多い企業では、電子申請がより使えるようになるかと思います。

就業規則、36協定の本社一括届出について
事業場ごとに労働者代表が異なる場合であっても、36協定の本社一括届出が可能になります。