国税庁より、在宅勤務に係る費用負担等に関するＦＡＱ（源泉所得税関係）が出ています。

費用を領収書で清算する方法の他に
自宅利用の部分と、在宅にかかる費用とを区分する合理的な考え方として、算式も記載されていますので、企業の方はご確認ください。