以下のページに、雇用保険関係に関するマイナンバー制度の情報が掲載されており、事業主による本人確認方法がまとめられています。

マイナンバー制度(雇用保険関係)

既に国税庁から同様の情報が出ており、内容的にはあまり変わりがありませんが、雇用保険の手続きの場合にはご参考になさってください。