所定労働時間の9時に出張先にて勤務するように命じた場合には、そこまでの出勤時間を労働時間としてとらえるべきでしょうか。

本来は、通勤時間は労働時間にあたりません。出張も同じで、出張先である就労場所までの移動は通勤時間と考えられるため、労働時間に入りません。

ただ、就労の場所が限定されていて、命じられた出張先は入らないと解される場合や、週に何度も遠方の出張を命じる場合など、業務命令が有効でないと判断されることもあります。

人事総務部門としては、程度や頻度に応じて、日帰りだけではなく宿泊、代休の付与、その地方の住宅の借り上げなど、検討できるよう実態を把握しておく必要があります。
また、出張手当や日当などの金銭支給も1つの方法です。