従業員が個人型確定拠出年金に加入する場合、従業員が金融機関に提出する書類に、「事業所登録申請書兼第2号加入者に係る事業主の証明書」があります。

内容は、会社経由で本人の掛金を支払するのかどうか(その場合には天引きになります)、会社にどのような退職金・年金制度があるか、です。そのうえで、掛金限度額が把握できますので、会社側にも従業員側にも認識が必要です。
その後、年1回の証明が必要になります。